La llegada de Company coincidió con el inicio de un resurgir del fútbol cubano en esta década ya que la selección logró clasificarse consecutivamente a cuatro Copas de Oro entre 2002 y 2007. En la Copa de Oro de 2002, Cuba fue eliminada en primera fase (aunque pudo rescatar un empate 0-0 ante Corea del Sur, futura semifinalista del Mundial de 2002). En la Copa de Oro de 2003, llegó a cuartos de final (su mejor registro en esta competencia) después de derrotar a Canadá en la primera vuelta (2-0). Estados Unidos sería el verdugo de los cubanos en cuartos (5-0). En las eliminatorias al Mundial de 2006, siempre dirigidos por Company, camisetas baratas futbol Cuba sería un duro escollo para Costa Rica. Es muy apreciado por la afición, ya que se mantuvo siempre al pie del cañón, tanto en Primera como en Segunda. Alberto declaró que no tenía previsto retirarse todavía a pesar de contar ya con 37 años y que se veía con fuerzas para seguir en el mundo del fútbol. A raíz de este éxito Alberto fue renovado en el cargo por una temporada más. La temporada 2014-15 la entrenó Alberto en su totalidad y pudo considerarse también un éxito.
Incluso durante cierta parte de la campaña albergó esperanzas de acercarse a los puestos de promoción, aunque no tuvo éxito y finalizó el año en mitad de la tabla. Marcos complementaba su faceta de jugador en el Real Valladolid con la de asesor a los directivos del club, aunque últimamente no fuera necesaria su participación, tal y como declaró en agosto de 2009: «Llevamos un tiempo dejando hacer las cosas a la gente de arriba». Aunque el Jaén fue capaz de empatar de nuevo al siguiente minuto (84), finalmente el Alavés consiguió el 2-3 en el minuto 89, logrando la victoria. A ambos clubes solo les valía la victoria y que al menos 2 de los equipos que les precedían en la tabla (Girona FC, Real Madrid Castilla, CD Mirandés y RCD Mallorca) fallaran en sus compromisos. Pese a tener pasada ya la treintena siguió dando recitales de buen fútbol, como en la victoria por 0-3 de su equipo el 22 de noviembre de 2008 ante el Villarreal C.F., que ese año jugaba la Champions League y era el único equipo imbatido de la Liga Española; Alberto Marcos fue el jugador más destacado del equipo por su soberbio marcaje al internacional español Cazorla.
En dicha temporada no jugó ningún partido de liga con el Real Valladolid ya que el entrenador, José Luis Mendilibar, prefirió confiar en Sergio Asenjo y Justo Villar. En cuanto a la segunda competición por importancia en España, la Copa del Rey sesenta y dos participaciones , las semifinales alcanzadas en la temporada 1989-90 se mantienen a fecha de 2020 como su mejor resultado. ↑ «Clasificatorias Europeas Fecha 4». UEFA. ↑ «El Tribunal Supremo tumba Porchinos». ↑ «El turno para las explicaciones – El Día de Valladolid Digital». «El seleccionador catalán Sergio González, nuevo entrenador del Valladolid». En la temporada 2013/2014 entró en el cuadro técnico del Deportivo Alavés como segundo de Natxo González, entrenador del equipo alavesista en Segunda División. Al finalizar la temporada 2009-10, se confirmó el descenso del Real Valladolid a la Segunda División; los directivos del club deciden afrontar la temporada en Segunda realizando una profunda reestructuración en la plantilla y comunican a Marcos que no se cuenta con él.
↑ «Real Valladolid C.F. ↑ Agencia EFE (24 de marzo de 2014). «El Deportivo Alavés destituye a Juan Carlos Mandiá». ↑ Agencia EFE (13 de enero de 2021). «El Castellón encomienda su salvación a Juan Carlos Garrido». ↑ El Día, ed. ↑ Lekuona, Javier (12 de junio de 2015). «Pepe Bordalás se compromete como técnico del Alavés». El 30 de julio de 2010, Javier Hernández jugó sus últimos 45′ minutos con las Chivas. En la temporada siguiente, y con Jorge Valdano como nuevo entrenador blanco, Marcos contó con oportunidades durante la primera mitad de la temporada pero en la segunda vuelta, y sin motivo aparente, deja de contar para el entrenador hasta el punto de desaparecer de las convocatorias. Al estar libre decide aceptar ese verano la oferta de la S. D. Huesca, equipo en el que militó durante una temporada hasta anunciar su retiro al final de la misma. En 1995 ficha por el Real Valladolid, club en el que ha conseguido la marca de más partidos oficiales jugados con el club pucelano; fue durante muchas temporadas el capitán del equipo. El balón oficial con que se jugó el campeonato es el modelo Jabulani, fabricado por la marca Adidas.