Por Mireya Se hizo un partido de despedida a Saura tras diez temporadas camisetas de futboles en el club. En cambio el regreso del canterano Roberto Fernández fue acogido con división de opiniones entre los aficionados al haber dejado el club el año del descenso y haber pasado cuatro temporadas en un club rival como era el Barcelona. Tras dos buenas temporadas en el Groningen, el 10 de abril de 2012 se confirmó el traspaso de Tadić al F. C. Twente por 7,7 millones de euros, en lo que se convirtió en una de las transferencias más caras en el fútbol holandés. Salieron del club de forma polémica Roberto Fernández al Barcelona a cambio de 100 millones de pesetas, y Miguel Tendillo al Real Murcia al no llegarse a un acuerdo para renovar su contrato, y también fueron baja el veterano Castellanos, Bermell, Granero, Urruti y Cabrera. ↑ «Gundogan estará varios meses de baja tras ser operado de la rodilla». La campaña fue tremendamente irregular, llegando a ser 18.º en la 10.ª jornada y 4.º en la 26.ª jornada. Una de las alegrías de la temporada fue la remontada en la 18.ª jornada contra el Real Madrid en sólo dos minutos con goles de Fernando y Robert en los minutos 87 y 88. El club terminó en un más que digno 4.º puesto, volviendo así a puestos europeos.
En toda la segunda vuelta sólo se perdieron 2 partidos, lo que llevó al equipo al 2.º puesto logrando así el subcampeonato tras un Real Madrid intratable. El equipo terminó como líder la primera fase, con una segunda vuelta espectacular. El S.V. Werder Bremen, conocido anteriormente como FV Werder, el 4 de febrero de 1899, escolares de 16 años de círculos comerciales fundaron el club de fútbol Werder von 1899, un club de fútbol puro, precursor del actual SV Werder Bremen. Con una crítica situación económica, el verano de 1984 Salvador Dasí Martínez, presidente de la comisión deportiva, directivo del club y amigo personal de Kempes, le comunicaba con lágrimas en los ojos que no seguiría en el club. En verano de 2012 el club, en un comunicado oficial, anunció una reestructuración interna para adaptarse a los estándares del Fair Play financiero, con intención de garantizar la autosuficiencia y la estabilidad de la entidad. El nuevo entrenador fue Alfredo Di Stéfano en su tercera y última etapa como técnico valencianista, con quien se consiguieron éxitos como una Liga y una Recopa.
El equipo finaliza octavo, solo 3 puntos por encima del descenso a Tercera División con 16 puntos (6 victorias, 4 empates y ocho derrotas), por delante de Racing Club de Madrid y se encajaron grandes goleadas (7-0 en Gijón y 8-0 ante el Betis). Mientras el holandés ha sufrido cuatro derrotas ante el equipo ahora dirigido por Carlo Ancelotti, el marcador de Salah se eleva a siete. Arrancó con una victoria al Barcelona en el estreno culé de Maradona pero inmediatamente llegaron varias jornadas sin ganar que llevaron a la contratación en octubre del técnico Miljan Miljanić, que tampoco terminó la temporada al estar el equipo muy próximo a los puestos de descenso, por lo que en marzo se contrató a Koldo Aguirre para las últimas siete jornadas. Se pasaron bastantes apuros para conservar la categoría, lo que le costó la destitución al técnico Alfredo Di Stéfano en marzo. El técnico fue otro hombre de la casa y exfutbolista, el hispano-argentino Óscar Rubén Valdez, pero la temporada no pudo ser más desastrosa con humillantes derrotas como la eliminación de Copa por el Tenerife de Segunda, y goleadas encajadas ante Real Madrid (5-0), Atlético (5-0), de nuevo Real Madrid (0-3) o Real Sociedad (6-0), camiseta baratas futbol la cual provocó la destitución de Valdez como entrenador.
El técnico que empezó la temporada fue un hombre de la casa como Paquito, y el arranque fue bueno llegando a ganar en el tercer partido 0-1 en el Bernabéu con gol de Kempes y llegando a ser líderes en la 7.ª jornada, pero luego varias derrotas consecutivas llevaron al equipo a ser 14.º en la 22.ª jornada, asomándose a los puestos de descenso, lo que provocó que se hiciera cargo del equipo Roberto Gil e inmediatamente en Copa fueron eliminados por el filial madridista, el Castilla C. F. de una joven Quinta del Buitre. Tras no ser elegido en el Draft de la NBA de 2009, decidió probar suerte en Europa y firmar por el VEF Riga de la Latvijas Basketbola līga, equipo donde destacaría, convirtiéndose en el mejor pasador de la temporada (5,7 asistencias por partido), 2º máximo recuperador (2,1 rec/part) y 3º en rebotes (6,1 rebotes/part). Estos fueron los protagonistas de la temporada junto al portero Ochotorena, que consiguió el Trofeo Zamora (sexto en la historia del club), y al rápido delantero asturiano Eloy Olaya.