La temporada 1981/82 precedió a la Copa del Mundo de España 82. La Liga comenzó con retraso por la segunda huelga de futbolistas en la historia camisetas de fútbol baratas del fútbol español. La era moderna se inicia con la llegada al equipo del futuro miembro del Salón de la Fama Dave Bing, el cual, en su segundo año, llevó al equipo al National Invitation Tournament (NIT), y en su temporada sénior, en 1966, a la segunda aparición en la fase final de la NCAA, ganando la final regional. Desde la aparición de la Copa de Ferias, el Bayern jugó por primera vez una competencia internacional organizada por la UEFA, la Copa de Europa de Campeones de Copa. El balón del torneo fue una «Superball Duplo T» de fabricación brasileña, siendo la primera vez que se utilizaba un balón sin tiento. Entre 1974 y 1982 tuvo formato cuadrangular, y se celebraba en dos días: el primer día se disputaban las dos semifinales, y el segundo día se disputaba la final entre los ganadores de las dos semifinales del día anterior. En la edición 1962-63, logró vencer al Basilea XI de Suiza por 0:3 en los dieciseisavos de final. Desde el 27 de octubre de 1918 el torneo fue disputado bajo dos divisiones, y desde su edición inicial el campeón de primera categoría era el representante de la región guipuzcoana en el Campeonato de España -actual Copa del Rey-.
Sin embargo aparece Roland Endler, un hombre de negocios de la ciudad de Neuss y gran fanático del Bayern, el cual proveyó los fondos necesarios, siendo además recompensado con cuatro años en la presidencia del club. Mientras tanto, había surgido un equipo al que el Bayern durante estos años tuvo que batir, el Borussia Mönchengladbach. Además, importantes jugadores como Ismael Urzaiz o Julio Soler militaron en el equipo durante la competición. Además, durante la temporada le endosaron un 11:1 al Borussia Dortmund. El 28 de junio de 1972, el Bayern jugó su primer partido en su nueva casa, el estadio Olímpico de Múnich, siendo este el último partido de la temporada. El 28 de abril de 1962 nace una nueva era en el Bayern: en primer lugar, solo de forma provisional y por un año, Wilhelm Neudecker se hizo cargo del club. Antes del inicio de la nueva temporada el club le daría la oportunidad de debutar a dos jugadores que más tarde determinarían el futuro del Bayern: Uli Hoeneß y Paul Breitner. La copa volvió a llevársela un club alemán, luego de que la temporada pasada el Borussia Dortmund lo consiguiera. La temporada 1971-72 fue un año récord para el club ya que se coronaron campeones con 55 puntos y 101 tantos anotados -40 de esos goles fueron anotados por Gerd Müller-.
Lattek condujo al equipo a conseguir el subcampeonato en la temporada 1969-70, donde Gerd Müller consigue por tercera vez el título de máximo goleador de la liga al anotar 38 tantos. 2002-03 13.º clasificado de Tercera División, Grupo IX . En la Liga de las Naciones de la UEFA , participó en la Liga D, quedando último de su grupo perdiendo los 6 partidos disputados y con un balance de goles de 0 a favor y 16 en contra. ↑ FIFA habría arreglado partidos de la Copa del Mundo de Corea y Japón 2002 Archivado el 29 de mayo de 2015 en Wayback Machine.. Copa de Europa» por marcar en los partidos importantes, abrió el marcador en la prórroga a los 108′, dándole el primer título internacional al Bayern. En octavos se enfrentaron al Drumcondra de Irlanda donde consiguieron un abultado marcador en la ida tras ganar 6:0, mientras que en la vuelta cayeron derrotados por la mínima. En su primera temporada de la Bundesliga el Bayern disputó el derbi ante el 1860 Múnich perdiendo con marcador de 0:1. Posteriormente en el partido de vuelta, el Bayern logró ganar 3:0, dándole el tercer lugar en la tabla. El objetivo de la temporada era alcanzar la ronda de promoción a la liga, el cual también se podría lograr con un segundo lugar al final de la temporada.
En 1967 el Bayern quedó en el sexto lugar de la liga, sin embargo, retuvo la Copa de Alemania. Esa misma temporada consiguieron ganar la final de la Copa de Alemania derrotando al Meidericher 4:2. Esto lo clasificó para la Recopa de Europa del año siguiente. Fue reemplazado por un entrenador nuevo, Branko Zebec, quien asume el control y reemplaza el estilo ofensivo del Bayern por un estilo más disciplinado, y al hacer eso logró el primer doblete en su historia, usando solo a 13 jugadores a lo largo de la temporada. ↑ «Paul Wanner se convierte en el jugador más joven del Bayern en debutar en la Bundesliga». Un joven Franz Beckenbauer ganaría además el premio al futbolista alemán del año. En esa instancia perdió la posibilidad de conseguir el título mundial al ser vencida por 4-2, con goles de Kylian Mbappé, Antoine Griezmann, Paul Pogba y un autogol de Mandžukić, y con goles propios del mismo Mandžukić y de Perišić.