Solo diez días después, el 6 de mayo, el delantero panameño Rommel Fernández, que estaba cedido en el Albacete, fallecía trágicamente en un accidente de vehículo, camiseta fútbol lo cual conmocionó a la afición y a todo el fútbol español y panameño. Después, en la segunda fase, se enfrentó al Unión Magdalena de Santa Marta, al cual eliminó con un empate 2-2 de visitante y 4-0 en condición de local. La semifinal sería contra el Deportes Tolima en donde Nacional lo derrotó 3-1 en condición de local por el juego de ida; Nacional cayó derrotado en el juego de vuelta en Ibagué por 1-0 pero con el marcador global de 3-2 a su favor, lo clasificaba a la gran final del Torneo apertura 2011 frente a La Equidad. En la ciudad de Pasto el marcador fue 0-0, definiendo el título en el Estadio Atanasio Girardot 2-0 a favor del verde con goles de Juan David Valencia y Fernando Uribe. Para iniciar la temporada 2012 el equipo realizó varias modificaciones en la nómina, cambios solicitados por el profesor Santiago Escobar, se contrataron al delantero Johan Fano, el defensor central Óscar Murillo, el volante de marca Jhon Valoy, el lateral Elkin Calle, Farid Díaz, Alexis Henríquez, Alexander Mejía, Jherson Córdoba, Wilder Guisao, Alejandro Bernal, el joven volante creativo Juan Fernando Quintero, Luis Fernando Mosquera, Juan David Valencia, Cristian Tula y el volante creativo Macnelly Torres que volvía al equipo luego de seis meses.
↑ «¿Cómo son «Corran por sus vidas» y «Éramos seis», las telenovelas que llegan a La Tele? Pues días después se dio la salida de 18 jugadores, pertenecientes al club, que estaban con el equipo a préstamo en otros clubes, y se contrató al extécnico del verde Santiago Escobar, también se contrató a Yovanny Arrechea, Danny Aguilar, Edgar Zapata, Jhon Valencia y a Macnelly Torres, se dio el regreso de Carlos Rentería y se organizó una formación de 25 jugadores más 25 juveniles que era lo que exigía la Dimayor. ↑ a b c d Página oficial del FC Barcelona (ed.). La Superliga de Colombia 2012 fue la primera edición del torneo oficial de fútbol colombiano, que enfrentó el cuadro antioqueño como campeón del Torneo apertura 2011, y el campeón del Torneo finalización 2011, Junior de Barranquilla, el equipo Verdolaga en el primer juego logró ganar como visitante 3-1 con 2 goles de Jefferson Duque y un autogol de Andrés Felipe González. De esta forma logró el primer título oficial Juan Carlos Osorio como técnico de Nacional.
En marzo se dio el nombramiento de Juan Carlos de La Cuesta como nuevo presidente del Club, luego de la renuncia a finales del 2009 de Víctor Hugo Marulanda. En el torneo finalización de 2007 Nacional clasificó al cuadrangular final luego de pasar la fase de todos contra todos con 38 puntos y ocupando el primer ligar, en los cuadrangulares se enfrentó al América de Cali, al Cúcuta Deportivo y a Once Caldas, obteniendo el primer lugar y del derecho a disputar la final frente al recién ascendido La Equidad de Bogotá. A finales de la década de los 2000, luego del final del Torneo Finalización 2010, pareció haber un cambio en el ambiente en Nacional, los días 20 de diciembre de 2010 y 5 de enero de 2011, la hinchada de Nacional realizó una marcha pacífica en la sede del club para pedir por la «resurrección» del equipo y la salida de los jugadores y de los directivos. En la fase de todos contra todos el equipo terminó cuarto con 33 puntos, 10 partidos ganados, 3 empatados y 5 perdidos, un promedio aceptable, pero que ilusionaba a la hinchada ya que desde el bicampeonato de 2007 Nacional no disputaba las posiciones altas de la tabla.
Nacional terminó 11° en la reclasificación, y un muy mal promedio de goles. En el partido de vuelta, Nacional goleó al Junior, esta vez por marcador de 3-0 con goles de Jefferson Duque y John Pajoy en dos oportunidades. El primer partido, disputado en el Estadio Nemesio Camacho El Campín de Bogotá, el 16 de diciembre, finalizó 3-0 a favor de Atlético Nacional con goles de Carmelo Valencia, Sergio Galván y León Darío Muñoz. En el torneo que reúne a los equipos de A y la B, Atlético Nacional logró su primer título en esta competición de la mano del profesor Juan Carlos Osorio, el cuadro paisa avanzó primero en el grupo con un total de 19 puntos, se enfrentó en octavos de final con Independiente Santa Fe con un global de 5-2 a favor, en cuartos de final avanzó con un global de 4-2 frente a Deportes Tolima, en semifinal derrotó a Boyacá Chicó con global de 2-0, de esta manera pasó a disputar la final frente al Deportivo Pasto. Pese a mostrar un fútbol a veces gustoso y con lo que siempre caracterizó al equipo nunca pudo recobrar su memoria futbolística, se clasificó séptimo para los cuadrangulares, y fue eliminado en el grupo B, en el cual compartió grupo con Atlético Huila, Deportes Tolima y Santa Fe.