Por Mireya El 8 de diciembre de 1940 Nacional venció por 5:1 a su tradicional rival con cuatro goles de Atilio, siendo la mayor cantidad de goles anotados por un jugador en un clásico del fútbol uruguayo. El partido de ida de la final, programado para el 30 de noviembre, camisetas de fútbol nunca pudo ser jugado debido al accidente sufrido por el rival brasileño Chapecoense donde se perdió prácticamente todo el plantel. El 27 de julio se jugó el partido de vuelta en Medellín. El 13 de julio se jugó el partido de vuelta en Medellín, a los 8 minutos, el argentino Jonathan Calleri anotó un gol para São Paulo, dejando la serie 2-1, pero a los 15 minutos Miguel Borja marcó su tercer gol en el club y el empate parcial para Nacional; en el segundo tiempo, en el minuto 76, hubo una mano dentro del área del defensor Carlinhos, provocando penal a favor de Nacional, la falta fue cobrada por el mismo Borja, marcando su cuarto gol en la Copa Libertadores en tan sólo 2 partidos y convirtiéndose en el goleador del club en la competición. Al minuto 36 Orlando Berrío aguantando a la defensa ecuatoriana logró sacar un remate de fuera del área para marcar el 0-1, el partido se mantuvo a favor de Nacional hasta el minuto 88, luego de un tiro libre que fue al área de Armani, pero el portero argentino no logró atrapar el balón y luego de varios revotes Arturo Mina marcó el empate para los ecuatorianos.
El título del torneo finalización de 2015, le dio a Atlético Nacional el pase a la Copa Libertadores 2016. El club ocupó el grupo 4 con C. A. Peñarol, Sporting Cristal y C. A. Huracán. En el minuto 0, Miguel Borja tuvo la primera opción de abrir el marcador, pero terminó mandando el balón por arriba de arco, en el minuto 9 Macnelly Torres cobró un tiro libre donde el balón pegó en el palo izquierdo del arquero, el rebote le quedó a Borja y marcó el 1-0; con este resultado terminó el juego y la serie 2-1 coronándose Atlético Nacional campeón de la Copa Libertadores de América por segunda vez en su historia, clasificando al Mundial de Clubes y a la Recopa Sudamericana. Después del título de la Copa Libertadores, Nacional inició su participación en la Copa Colombia. El 12 de mayo se jugó el partido de ida en el Gigante de Arrollito, el partido terminó 1-0 en contra, el gol fue de Walter Montoya, que aprovechó que Armani estaba adelantado y remató de media distancia, a pesar del gol, Armani tuvo una actuación crucial, al despejar 3 remates de gol consecutivos, goles que hubiesen podido marcar el destino del club en el torneo, este fue el primer y único partido perdido de Nacional en la copa.
En el inicio de la temporada 2016 Atlético Nacional se coronó por segunda vez campeón de la Superliga de Colombia, su rival fue el Deportivo Cali, ganador del torneo apertura 2015. El partido de ida se jugó el 23 de enero de 2016 en el Estadio «Palmaseca», Nacional como visitante derrotó al local 2-0 con un doblete de Jonathan Copete. La segunda fecha, en el estadio Atanasio Girardot, contra Sporting Cristal, terminó en goleada a favor 3-0 con goles de Davinson Sánchez, Jonathan Copete y Marlos Moreno, la tercera fecha fue contra C. A. Peñarol, de nuevo de local, el partido terminó a favor 2-0 con goles de Daniel Bocanegra y Marlos Moreno, cerrando así la primera vuelta de la fase de grupos. El 23 de febrero el club jugó su primer partido contra C. A. Huracán de Argentina, en condición de visitante, el partido terminó a favor 2-0 con goles Marlos Moreno y Orlando Berrío. El 6 de julio se jugó en el Estadio «Morumbí» el partido de ida de las semifinales contra el São Paulo F. C.; en un debut soñado, Miguel Borja anotó dos goles que le dieron la victoria a Nacional en suelo brasilero.
El partido de ida terminó a favor 2-1 con goles de Ezequiel Rescaldani y Juan Pablo Nieto, el juego de vuelta, en Barranquilla quedó 0-1 a favor con gol de Andrés Felipe Ibargüen. El 20 de julio se jugó el partido de ida en el estadio Olímpico Atahualpa, con unos 4 000 hinchas visitantes de Nacional que llenaron la tribuna norte del estadio. Como ya se había jugado el primer cotejo por la definición del título entre Emelec y Deportivo Quito, la Federación decidió declarar nulo este compromiso y dar como campeón a Emelec. A merced de este acuerdo el equipo consigue una gran cantera de aproximadamente treinta equipos y la Ciudad Deportiva de Castañares perteneciente al Promesas. En este partido se presentó por primera vez el uso del árbitro asistente de video (VAR) para determinar una jugada dudosa, al cobrar un penal a favor del Kashima, que generó polémica en la prensa por el tiempo transcurrido antes de que el árbitro tomara la decisión.