El equipo juega en la Primera división del fútbol colombiano desde el 2023 después de haber asegurado el ascenso. En medio de la crisis el equipo mantuvo su puntualidad en los pagos a jugadores, referente a salarios y seguridad social. Debutó en la Copa Libertadores de América en el Estadio Nemesio Camacho El Campín de Bogotá, debido a que en ese momento el Estadio de La Independencia no cumplía con los requerimientos de capacidad y seguridad exigidos por la Conmebol. Ante la escasa afluencia de público a los partidos durante ese año y la falta de patrocinadores, la directiva del club, encabezada por Eduardo Pimentel, aceptó la invitación de Jorge Eduardo Londoño Ulloa y del Gobierno de Boyacá de trasladar su sede deportiva y administrativa a la ciudad de Tunja a partir del 2005, por lo que pasó a denominarse Boyacá Chicó Fútbol Club. El año 2012 fue el peor año para el equipo, ya que su propietario y la junta directiva intentaron llegar a un acuerdo con el entonces Gobernador de Boyacá, Juan Carlos Granados Becerra para dialogar acerca de la repartición de los recursos económicos, ya que la misma hinchada reclamaba y exigía en medio de protestas que se realizó frente al palacio de la Gobernación de Boyacá en la Plaza de Bolívar de Tunja para exigir al mandatario de los Boyacenses respuestas sobre si sólo va a apoyar a Patriotas Boyacá o si realmente le seguirán brindando el apoyo económico al cuadro Ajedrezado, debido a que la postura que tenía Granados era con el equipo que el reconoció a Patriotas como «El verdadero equipo de Boyacá».
Los preparativos para la cita mundialista fueron iniciados inmediatamente, especialmente debido al apoyo entregado por parte del presidente de Chile Jorge Alessandri, quien asumió en 1958. Los planes para modernizar gran parte del país, especialmente en cuanto a transportes y telecomunicaciones, avanzaban velozmente. Hubo apoyo de la Gobernación de Boyacá, la Alcaldía de Tunja, pero no de la empresa privada colombiana dueña del club, argumentaba Eduardo Pimentel. Debido a la crisis económica que afronta el club, este tuvo que aceptar las renuncias de Néstor Salazar, Rubén Darío Velásquez, Víctor Danilo Pacheco, Leonardo Fabio Moreno y Frank Pacheco. No obstante, los dirigidos por Alberto Gamero mostraron otra cara este jueves en El Campín, en donde desde el vamos salió a buscar el partido, acorralaron en los primeros minutos a Millonarios y en varias ocasiones complicaron a Nelson Ramos con remates de media y larga distancia. Sin embargo, faltando 4 minutos para el final, Mayer Candelo compensó su error al anotar el 1-0 para el equipo local. En cumplimiento de lo dispuesto por el artículo 27 del reglamento de competencia, los clubes deberán acumular un mínimo de 1000 minutos jugados por elementos menores a los 23 años; para ello, y de conformidad con los artículos 8, 9 y 10, podrán utilizar jugadores de sus equipos de categorías menores que participan en las Ligas de Fuerzas Básicas; o en caso de tenerlas, de sus filiales de Liga de Expansión, Liga Premier y Liga TDP.
En la Copa Colombia 2011 enfrentó en la fase de grupos a los equipos de Cúcuta Deportivo, Atlético Bucaramanga, Patriotas Boyacá, Alianza Petrolera y Real Santander. La disputa se solucionaría en 1954, cuando la FIFA decidió que ambos equipos fueran denominados oficialmente como «Irlanda del Norte» y «República de Irlanda». Para la siguiente edición, Australia no iba gozar de buena suerte, ya que quedó eliminada en la primera fase de la clasificación terminando segundo en un grupo compuesto por Nueva Zelanda, Indonesia, China Taipéi, camisetas baratas futbol Fiyi en el que solo el primero accedía a la siguiente ronda. El 6 de marzo de 2009 el Estadio de la Independencia de la ciudad de Tunja recibió el aval positivo de la CONMEBOL para que Boyacá Chicó jugara sus partidos como local de la fase de grupos de la Copa Libertadores 2009 gracias a la ampliación de la capacidad del estadio a 20.630 espectadores con tribunas metálicas. Chicó en el Estadio Pierre Lora Muñóz. El partido de ida, disputado el miércoles 2 de julio en el Estadio Olímpico Pascual Guerrero finalizó 1-1 con un polémico arbitraje de Wilmar Roldán. 1-1 en el tiempo reglamentario. En cuanto a la competición europea en curso, articulada por la pandemia como una «final a ocho» en Lisboa, quedó encuadrado para disputar los cuartos de final a partido único frente al RB Leipzig el 13 de agosto, siendo eliminados tras perder por 2-1 en el Estadio José Alvalade.
El ganador fue la Universidad Católica, que tras perder las últimas dos finales de manera consecutiva finalmente pudo levantar su segunda copa, gracias al solitario gol de José Percudani. Ha clasificado nueve veces a los cuadrangulares finales de la Categoría Primera A. En el Torneo Apertura 2004, cuando jugaba en la ciudad de Bogotá, donde fue superado en el Grupo B por Independiente Medellín. Luego del ascenso, en la temporada 2004, el club accedió a los cuadrangulares semifinales durante el Torneo Apertura. El samario Alberto Gamero asumió como entrenador en la fecha seis del torneo apertura de la temporada 2006, luego de la renuncia de Mario Vanemerak. Empezó a participar en el torneo de la Primera B en la temporada 2001,con el cupo de Unión Meta que le pertenecía a Cortuluá. En la temporada 2013/2014 compite en el Grupo Tercero de la Regional Preferente de la Comunidad Valenciana pero baja a 1.ª regional, categoría en la que finaliza 13.º clasificado del grupo 7 y juega la promoción de permanencia. Esta sección es un extracto de Anexo:Primera ronda de la Copa del Rey de fútbol 2019-20 § Cuadro. El equipo dejó ciertas dudas en cuanto el funcionamiento y el nivel del equipo, siendo así en la cuarta ronda lograría solo 2 empates y 4 derrotas siendo eliminado.
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