In particolare, a Venezia città (che con lo spostamento della nuova squadra allo stadio Baracca si era sentita spodestata del proprio team) viene subito costituito, da soggetti contrari alla fusione, un Calcio Venezia che a cavallo degli anni novanta parteciperà al Campionato Nazionale Dilettanti giocando con le tradizionali divise neroverdi. La tradizione sportiva lagunare passa quindi in dote alla nuova Società Sportiva Calcio Venezia, fondata a parità di quote dai soggetti Gruppo Guaraldo e Poletti Group, con un residuo 5% avocato al gruppo Umana. Le sue competenze tecniche unite alla visione tattica potrebbero ispirare una nuova generazione di calciatori. Questo modello di business ha iniziato ad attrarre l’interesse non soli di singoli donatori ma anche di organizzazioni internazionali in primis il Rotary International Club che ha finanziato due reportage: in Iraq sui Profughi Dimenticati e nella Repubblica democratica del Congo sulla violenza subita dalle donne. Il Venezia centra una sofferta salvezza grazie anche agli acquisti novembrini quali il portiere Bosaglia e l’attaccante Solimeno, autore di 9 reti. Pro Sesto: il doppio confronto si risolve in una vittoria casalinga lagunare per 3-1 all’andata e un pareggio per 1-1 in trasferta al ritorno, sancendo la salvezza del Venezia.
Con l’inizio dell’era Zamparini, e grazie all’integrazione delle due rose del Venezia e del Mestre, la squadra venne subito promossa in C1 (stagione 1987-1988) e nell’anno successivo ottenne la salvezza che le permise di mantenere la categoria (Serie C1). Al termine della stagione Marco Facca è il capocannoniere della squadra e del girone di Promozione con 18 reti. Nel girone di andata del campionato 1998-99, malgrado le reti del nuovo acquisto Maniero, i lagunari rimasero inchiodati sul fondo della classifica. L’uruguaiano andò a formare, insieme a Maniero, una prolifica coppia d’attacco: furono ben 23 i gol realizzati dai due giocatori. Un vistoso calo nei risultati occorso a metà girone di ritorno fa tuttavia sprofondare gli arancioneroverdi sino alla 6ª posizione, con il concreto rischio di mancare l’accesso agli spareggi per la promozione in Serie B: la qualificazione a questi ultimi arriva solo all’ultimo turno, grazie alla vittoria interna per 1-0 sul Pisa con un gol segnato al 94º minuto dal centrocampista Romondini. Tale società viene formalmente costituita il 27 luglio 2009 con la denominazione Foot Ball Club Unione Venezia: riconosciuta come legittima erede del SSC Venezia, essa viene successivamente ammessa in sovrannumero al girone C del campionato di Serie D per la stagione 2009-2010. La denominazione sociale intende rispecchiare fedelmente la storia del sodalizio arancioneroverde: la sigla F.B.C.
Il tecnico ceco tuttavia conclude il campionato al sesto posto senza alcun risultato rilevante, lasciando subito dopo il club. Dopo due campionati di assestamento, nella stagione 1990-1991 (la quinta con Zamparini presidente dall’86-87), dopo uno spareggio per il secondo posto giocato a Cesena, davanti a 7000 tifosi veneziani e mestrini, e vinto per 2-1 contro il Como, il Venezia di Alberto Zaccheroni riconquistò la B, confermando quanto espresso dal patron all’atto dell’unione delle due società professionistiche del Comune di Venezia. Interesse che si concretizzò con l’acquisto dell’intera società all’inizio della stagione 1986-1987 che per i colori veneziani significò una vera rivoluzione sia nei quadri tecnici che dell’organico dei giocatori. Con la fusione cambiano anche i colori sociali al classico nero-verde viene aggiunto l’arancione, anche se negli anni a seguire ci saranno molte dispute riguardo al giusto utilizzo dei tre colori nelle varie maglie sociali. Dopo che sulla panchina si succedettero anche Massimo Giacomini e Franco Musco il Venezia conquistò il quinto posto, ben lontano però dalla zona promozione. A seguito dell’ultimo posto e della retrocessione, Zamparini acquistò il Palermo cedendo la società veneta – già in condizioni economiche traballanti – a Franco Dal Cin.
Con l’arrivo di Zamparini in laguna si stava però per concretizzare un progetto che in passato era stato più volte messo sul tavolo, ma che forse solo un foresto poteva aver il coraggio di portare a termine: la fusione tra il Venezia e il Mestre. Questa, che si era messa alla finestra colla faccia tra le mani, si volse impetuosamente alla madre. La classifica era tuttavia già compromessa, allorché il Venezia ottenne le prime vittorie soltanto a dicembre. Nella stagione 2006-07 il Venezia torna pertanto nel campionato di Serie C1 e si propone quale squadra di vertice: dopo aver collezionato un buon numero di pareggi nelle prime giornate di campionato, il Venezia inizia infatti a ottenere vittorie in successione, mostrando in particolare un rendimento eccellente nel proprio stadio, ove la formazione arancioneroverde riesce a rimanere imbattuta in gare ufficiali da settembre 2005 ad aprile 2007. Ad interrompere questa striscia positiva è un 1-2 subito nell’aprile 2007 contro la Cremonese, unica squadra capace di vincere a Venezia in tale stagione.
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