La escritura pública de la nueva sociedad se realizó el 30 de abril de 1947. El 27 de junio de 1948 se fundó en Barranquilla la Dimayor, camiseta futbol con el objetivo de organizar un torneo de fútbol profesional en el país. Liga Antioqueña. El Unión Indulana Foot-Ball Club resultó ser el indicado y se acordó la incorporación de este a la nueva institución, de esta forma, el club pasó a ser el Atlético Municipal. Coincidiendo con el primer cambio de denominación de este club, en 1983 se fundó la nueva y actual Unión Deportiva Collerense. Esta decisión se tomó teniendo en cuenta que el equipo contaba con jugadores de todo el país y que esta denominación seguía más de cerca el lema adoptado por la institución desde su fundación oficial, camiseta fútbol «Por encima de todo la defensa y estímulo del jugador nacional». Fernando Paternoster, quien como jugador fue subcampeón del mundo en 1930 con la Selección Argentina. Al finalizar el primer campeonato en Colombia el Atlético Municipal terminó en el sexto lugar con 18 unidades, a diez puntos del campeón Santa Fe. El Verde se coronó campeón el 26 de septiembre de 1954, ante su rival de plaza, el Medellín, al que le ganó 1-0 con gol de «Turrón» Álvarez, a los 57 minutos.
El primer gol del campeonato y del club lo anotó Rafael Serna de pena máxima a los 15 minutos del primer tiempo. El club participa en la máxima categoría de la División Mayor del Fútbol Colombiano, la Categoría Primera A desde su fundación en 1948 sin haber descendido a la Primera B al igual que el Millonarios y el Independiente Santa Fe, ambos de la ciudad de Bogotá. Millonarios y América de Cali. En 2014 la organización lo ubicó como el 5° mejor equipo del mundo y como el mejor de América según su ranking anual de clubes. El 10 de octubre, Nacional venció como visitante 2-6 al América en la ciudad de Palmira, y dio su primera vuelta olímpica. El partido de vuelta finalizó 2-3 a favor de Santa Fe, forzando a la tanda de penales, en la cual se impuso Atlético Bucaramanga, logrando el primer título de su historia. El Manchester United se impuso al Bayern tras darle la vuelta al encuentro en el tiempo de descuento para acabar ganando por 1-2 gracias a los tantos de Teddy Sheringham y Ole Gunnar Solskjær, logrando una de las mayores proezas de la historia de las finales. Sin embargo, gracias a un movimiento liderado por Enrique Montoya Gaviria, el club logró la reaparición tras un mes de ausencia.
Sin embargo, el nuevo nombre no apareció en las planillas oficiales de la Dimayor sino hasta la temporada siguiente. La Dimayor aceptó de nuevo al elenco a pesar de que ya se habían cumplido cuatro fechas del campeonato. En aquella reunión asistió, como representante del equipo, su presidente, Jorge Osorio Cadavid. El partido de ida de la final, se llevó a cabo en el Estadio Tecnológico de Monterrey, ganando los rayados 4-3 contra el Cruz Azul, todo se dio por hecho el 13 de diciembre de 2009 en el Estadio Azul, dejando un marcador de 2-1 a favor de Rayados, viendo su participación como la mejor posible, pues durante toda la liguilla no cayeron ante ningún equipo, siendo los justos vencedores. Consiguió el campeonato en calidad de invicto, al mantenerse sin perder durante las primeras 16 fechas. Además, durante estos primeros años de la década de los 20, el Campo de la Soledad se convierte en un centro neurálgico de la práctica deportiva, fundando el Gimnástico varias secciones deportivas como las de salto, boxeo, esgrima o ciclismo. La FGF sancionó al Vigo Sporting, suspendiendo de la competición a todos sus equipos durante un año e imponiéndole una multa de 500 pesestas, mientras que los seis jugadores del Fortuna que viajaron a Lisboa fueron sancionados de forma individual, siendo suspendidos por un año, y el Fortuna como club no fue sancionado.
El Atlético Municipal no tuvo mayor figuración durante los primeros torneos del profesionalismo. En 2016 fue reconocido como el mejor equipo del mundo, siendo la primera vez que un club no europeo ocupa esta posición a nivel mundial en este escalafón. Logró los subcampeonatos de la Copa Intercontinental en 1989, de la Copa Libertadores en 1995, de la Recopa Sudamericana en 1990, de la Copa Simón Bolívar en 1971 y fue tres veces subcampeón de la Copa Sudamericana en 2002, 2014 y 2016, adicional a esto en la Copa Mundial de Clubes de la FIFA 2016 obtuvo la Medalla de Bronce al ganar el partido por el tercer lugar del torneo. Copa Merconorte con 2; también fue campeón de la Copa Interamericana dos veces y de la Recopa Sudamericana una vez. A nivel nacional es el club con más campeonatos ganados en la Primera A con 17, el más campeón de la Copa Colombia con 6 títulos y a su vez tres veces campeón de la Superliga. De igual forma es considerado como uno de los equipos más populares y emblemáticos de Colombia y de Sudamérica. Era la época de El Dorado en la que llegaron a Colombia jugadores de toda América, entre ellos, varios que en aquel momento estaban entre los mejores del mundo, pero el club mantenía su política de tener únicamente jugadores nacidos en Colombia, conocidos como los «puros criollos», esto lo situó en franca desventaja frente al resto de equipos que se habían reforzado con extranjeros.