En junio de 2012 la Federación anunció un acuerdo con la empresa gestora del Estadio Nacional de Pekín, en China, para celebrar en él cinco de las siguientes siete ediciones de la Supercopa, a partido único, a partir de 2013, pero tanto Real Madrid Club de Fútbol como Fútbol Club Barcelona mostraron su negativa al acuerdo en una reunión entre clubes y estamento y finalmente no se firmó. Lo de las Gladiadoras, en cambio, se extendió mucho más en el tiempo a causa de la suspensión del fútbol y otros deportes por la pandemia. En cambio, la rabia por las finales perdidas tuvo su recompensa al conseguir la tercera Liga, la Liga de 1947, camiseta futbol baratas aunque hubo que esperar hasta la última jornada el 13 de abril en Mestalla ganando al Sporting y dependiendo de lo que sucediera en otros dos partidos. La ida fue el 12 de junio de 1963 en el estadio Maksimir y terminó con un disputado 1-2 para los valencianistas con goles de Waldo y Urtiaga que remontaron el gol inicial yugoslavo. Además, a nivel individual, el delantero Mundo fue el ganador del Trofeo Pichichi con 27 goles y el portero Eizaguirre ganó el Trofeo Zamora; fueron los primeros valencianistas en conseguirlo.
Permuta. Acción de ocupar la posición del compañero que le ha hecho la cobertura, pasando a defender a la marca de su compañero. Este hecho marcó un antes y un después en la vida de la ciudad y en la memoria de todos los valencianos. Este torneo se disputó ininterrumpidamente por 28 años, siendo el General Córdova el club con mayor cantidad de títulos ganados (cuatro ediciones). Cuenta con dos etapas principales: un proceso clasificatorio en el que participan más de 200 selecciones nacionales y una fase final realizada cada cuatro años en una sede definida con anticipación en la que participarán 48 equipos a partir de la edición de 2026; durante un periodo cercano a un mes. En la temporada 1968-69 se creó la liguilla por el no descenso, que disputaban en series a visita recíproca, los dos o cuatro clubes con menos puntos, siempre y cuando no existieran más de cuatro puntos de diferencia entre los involucrados; en cuyos casos se producía el descenso directo. La mejoría del equipo se notó, aunque fue superado por un intratable Barcelona que ganó la liga con el Valencia subcampeón a solo dos puntos.
La siguiente temporada se alcanza el subcampeonato en la Liga a solo dos puntos del Barcelona, que ganó liga y copa ese año. Este último campeonato es recordado porque Nacional finalizó campeón y Peñarol terminó en el último escalón -cabe destacar que la AUF le quitó 12 puntos a Peñarol- habiendo una plaqueta en la sede recordando el suceso. En marzo de 1959 se inauguraba la iluminación eléctrica de Mestalla, pero con el final de esta década terminaba un ciclo en el valencianismo con la marcha del legendario Puchades a los 32 años tras 12 temporadas en el club y con la dimisión del presidente Luis Casanova tras una presidencia de casi 19 años (fue el presidente que más títulos ha celebrado y partícipe en la remodelación del estadio). En septiembre de ese mismo año 1944 nació el CD Mestalla, equipo filial del club, que tuvo un veloz crecimiento, ya que solo ocho años después, en 1952, fue el primer equipo filial del fútbol español en conseguir un ascenso a Primera, aunque tanto el presidente del club (Luis Casanova) como el presidente del equipo filial (Federico Blasco) renunciaron voluntariamente al ascenso por no competir contra el equipo matriz. En la temporada 2016/2017 el filial blanquivioleta realiza un buen trabajo obteniendo holgadamente la permanencia en la categoría e incluso llega a pugnar hasta el tramo final del campeonato por un puesto en la promoción de ascenso a Segunda División.
Del mismo modo, un filial que se haya clasificado para la fase de ascenso a Segunda Federación no puede disputarla si el primer equipo milita en dicha categoría. Los años 60 empezaron con una irregular temporada a las órdenes del técnico Domingo Balmanya y con Vicente Iborra Gil como presidente, aunque se mejoró durante la segunda vuelta y se terminó en quinta posición. En cualquier momento del partido, incluso durante un tiro desde el punto de penalti, un jugador de campo podrá cambiar de posición con el portero, camiseta fútbol siempre y cuando el árbitro haya sido informado sobre esta acción y la misma se realice durante una interrupción. Durante la temporada los malos resultados hicieron que también dimitieran Eduardo Cubells y el entrenador Luis Miró, al que sustituyó hasta final de temporada el querido Jacinto Quincoces, que casi mete al equipo en la final de Copa. Para cerrar la mágica década de los años 40 el club fichó al que fue uno de sus entrenadores que más partidos dirigirá a los valencianistas en toda su historia y también uno de los que más títulos levantó, el vizcaíno Jacinto Quincoces, que fue seleccionador nacional y entrenador del Zaragoza y del Real Madrid.